Талантливият и добросърдечен Кубо живее скромно с майка си далеч от другите хора и изкарва прехраната си, като разказва приказни истории на хората в близкото село. Спокойният им привидно живот скоро е разрушен, когато той случайно призовава духа на миналото, който се спуска от небесата със силата на ураган, за да донесе вековно отмъщение.

Принуден да потърси убежище другаде, Кубо, с подкрепата на Маймуна и Бръмбар, поема на вълнуваща мисия да спаси семейството си и да разгадае мита за баща си – най-великият самурай на всички времена. С помощта на неговия шамисен – магически музикален инструмент – Кубо повежда битка срещу богове и чудовища, сред които са отмъстителният Бог на Луната и дъщерите му – злите близначки, за да разкрие тайната на своя род и да изпълни героичната си съдба.