В близкото бъдеще, където децата се раждат със специалния Х-фактор в гените им, който им дава необичайни способности и ги прави \"мутанти\", сенатор Робърт Кели дава началото на нов Холокост. Положението докарва двама мутанти и бивши приятели Ерик Леншър (Магнито) и професор Чалрз Ксейвиър в опозиция.

Докато Ксейвиър се опитва да спре омразата срещу мутантите по мирен начин, Магнито се опитва да изравни нещата, като създаде машина, която ще забърза процеса на мутиране сред хората, като всички станат равни. За да спре Магните, Ксейвиър събира група, наречена Х-Мен да го спре.

През това време се появяват още двама със свръхестествени способности - Логан, агресивен и силен мутант, без спомен за миналото му, и младо момиче на име Роуг. В търсене на своята самоличност попадат в полезрението на Ксейвиър и Магнито, но с каква цел?