Повече от десет години след събитията в Аватар Джейк Съли (Сам Уортингтън) живее щастливо заедно с Нейтири (Зоуи Салдана) и техните деца.

Когато стара заплаха се завръща на Пандора, двамата са принудени да напуснат дома си и да се отправят към различни региони на изобилстващата от живот луна и да търсят помощта на други на‘ви племена.

Неприятностите обаче ги следват по петите – Аватар: Природата на водата е разказ за трагедиите, които преживяват Джейк и Нейтири и битките, които водят, за да останат живи и да запазят семейството си заедно.