Където свършва оригиналният филм откриваме Лиу Канг, Соня Блейд, Рейдън, Принцеса Китана и Джони Кейдж срещу императора Шао Кан и неговия унищожителен отряд съставен от Ермак, Мотаро, Шийва и Рейн. Планът на Кан е да съедини Земята с останалия свят в обща империя като възкреси майката на Китана, кралица Синдел.
След смъртта на Джони Кейдж, войниците избягват от храма на Лиу Канг, където Рейдън казва, че правилата вече са минало, защото Кан ги е унищожил и единственият начин, по който могат да го победят е като върнат мира в душата на кралица Синдел, имайки седем дни за това.
После Рейдън изпраща Соня да намери партньора си Джакс докато Китана и Лиу Канг търсят Нощния Вълк, който да им помогне да победят Шао Кан..
