Някога сплотеното семейство на костенурките е изправено пред изпитания. След победата над злия нинджа Шрьодер, в семейството на костенурките цари разкол. Старият плъх Сплинтер, по съвместителство учител и наставник на бойните рептилии, е обезпокоен от загадъчните събития, които се случват по улиците на Ню Йорк.Бързо движещи се сенки, странно подреждане на звездите...

Индустриалецът Макс Уинтър събира армия от древни чудовища. Защо? За да завладее света, естествено. Градът се нуждае от костенурките както никога досега, но къде са те??? Леонардо е заминал на специално обучение и костенурките са загубени... Но дори и така те могат да възстановят единството и дисциплината си навреме, за да се преборят със свръхестествения враг...