В "Молитви за Боби" Мери Грифит е ревностна християнка, която възпитава децата си според консервативните догми на Презвитерианската църква. Въпреки това, когато синът и Боби споделя на по-големия си брат, че може би е гей, животът за семейството се променя.

Докато бащата, сестрите и братът на Боби приемат нещата по-спокойно, Мери вярва, че Бог може да го излекува от това, което тя нарича „грях” и насърчава Боби да се моли по-усилено и да търси опора в църквата и църковните дела, като се надява да го промени.

Отчаяно търсещ одобрението на майка си, Боби изпълнява всичко, което се иска от него, но в крайна сметка, това, че църквата не одобрява хомосексуалността му го вкарваха в дълбока депресия.

Чувствайки се виновен за мъката, която причинява на майка си, той решава да се премести в друг град, с надеждата, че след време, майка му ще го приеме какъвто е, за жалост промяната в мисленето на Мери идва със закъснение...