„Космическите шимпанзета 2” проследява Комет, техно маймуната, която иска да се докаже като способна космическа маймуна. Комет пътува до планетата Малгор, където обединява сили с извънземното Киловат.

Когато страховития извънземен Зартог превзема Мисия Контрол, идва време за Комет да покаже на какво е способен. Той се присъединява към приятелите си Хем, Луна и Титан, и заедно се опитват да унищожат Зартог.